Nach dem plötzlichen Tod ihres Gatten übernimmt Margarethe ihren in Schloss Neuburg a.d. Donau inhaftierten Schwiegervater. Zunächst scheint sich ihr Bruder Albrecht Achilles der Sache anzunehmen, lässt den Häftling auch zeitweise auf die Cadolzburg bringen. Doch nach längeren Verhandlungen übergibt Margarethe ihren Schwiegervater 1446 an den Landshuter Herzog und erhält dafür sehr viel Geld. Außerdem darf sie den Titel einer Herzogin von Bayern behalten. Das ermöglicht ihr ein auskömmliches Leben auf ihrem Witwensitz Friedberg.